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本重大研究计划拟以我国正常人群的免疫特征为基础，聚焦我国高发病/高死亡率恶性肿瘤、自身免疫性疾病等重大疾病，优先资助本计划尚未立项的人群和疾病类型，，鼓励依托具有完善基础数据和随访方案的队列资源，建立关键技术群。本计划拟设置培育项目、重点支持项目及集成项目：直接费用资助强度约为80万元/项、300万元/项，1300万元/项及300万元/项。
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自然-人工融合高效物质转化的科学基础重大研究计划，旨在探索自然-人工融合高效物质转化研究的新范式，为可持续发展提供变革性物质转化新引擎。资助研究方向包括培育项目、重点支持项目，直接费用资助强度约为60万元/项、280万元/项。
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海岸带复杂系统演变与临界过程重大研究计划，旨在推动地球系统科学和复杂系统科学的前沿理论发展，为海洋强国、陆海统筹等国家战略的实施提供理论与技术支撑，资助研究方向包括培育项目、重点支持项目。拟资助培育项目约15项，直接费用资助强度约为60万元/项，拟资助常规申请重点支持项目约10项，直接费用资助强度约为250万元/项;拟资助联合申请重点支持项目约6对，每对项目直接费用资助强度约为400万元/对。
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本重大研究计划旨在揭示细胞集群形成、可塑性与功能涌现的基本规律，塑造从技术开发、规律诠译、理论建立、到临床应用的创新体系，为我国在细胞集群可塑性机制研究与再生医学相关生物医药产业的发展奠定基础。资助研究方向包括培育项目、重点支持项目。
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本重大研究计划面向我国深空探测任务重大需求，旨在科学认知并精确把控进入行星大气飞行的关键物理机理和效应，创新发展极端流动与传热理论，引领相关领域科学前沿和技术发展，支撑航天强国战略。项目资助类型包括培育项目、重点支持项目。
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针对关键软件自主创新的国家重大战略需求，为我国实现关键软件领域的科学突破提供基础理论、关键技术和人才支撑。国家自然科学基金委员会制定面向人机物融合的智能化软件基础研究重大研究计划。年度资助的研究方向包括培育项目、重点支持项目，直接费用资助强度约为80万/项、300万/项。
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本重大研究计划以深部挥发份的“催化作用”和新化学反应为切入点，围绕挥发份（重点关注碳-氢-氧）在地球内部的分布、循环和效应三个相互关联的核心科学问题开展研究。拟资助培育项目12项左右，直接费用资助强度约为80万/项；拟资助重点支持项目12项左右，直接费用资助强度约为300万/项。
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为我国RNA生物医药发展提供新机遇，确立我国在RNA研究领域的国际引领地位，国家自然科学基金委员会现发布赋能药物创新的RNA基础研究重大研究计划项目指南。资助研究方向包括培育项目、重点支持项目，直接费用资助强度约为80万元/项、300万元/项。
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破译生命的糖质密码重大研究计划面向人民生命健康，以“糖质密码（glycocode）”新视角，解析糖质序列结构与生物功能的复杂映射关系，拓展生命信息调控的机制和基本规律，布局从技术开发、功能阐释、精准调控到临床应用的创新体系，为我国在糖质相关的生物医药发展奠定基础。2025年度拟资助培育项目20～30项，直接费用资助强度约为80万元/项，资助期限为3年。
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为支持基础研究、坚持自由探索，国家自然科学基金按照资助类别可分为面上项目、重点项目、重大项目、重大研究计划、国家杰出青年科学基金、海外、港澳青年学者合作研究基金、创新研究群体科学基金、国家基础科学人才培养基金、专项项目、联合资助基金项目以及国际(地区)合作与交流项目等。通过亚类说明、附注说明还可将一些资助类别进一步细化。所有这些资助类别各有侧重，相互补充，共同构成当前的自然科学基金资助体系。
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